La Dirección de Gestión de la Calidad Ambiental es una instancia que cuenta con un equipo interdisciplinario integrado por 22 funcionarios/as, quienes están organizados por unidades. Estas son la Unidad de Investigación y Desarrollo, la de Producción y Consumo Sostenible y la Unidad de Evaluación Ambiental de Agro-insumos.

Entre los servicios directos  que se ofrecen están:

• Autorizaciones de desalmacenaje de sustancias Agotadoras de la Capa de Ozono (SAOs).
• Promoción y seguimiento a los Programas de Gestión Ambiental Institucional que deben elaborar las instituciones públicas. 
• Emisión de criterios técnicos sobre la valoración de riesgo ambiental para la aprobación de registro de plaguicidas.
• Atención a solicitudes de información sobre temas de calidad ambiental (sustancias químicas, residuos sólidos, producción más limpia, Convenios de Estocolmo y Montreal; entre otros.). 

Además se trabaja en:

• Mecanismos de prevención y auto-regulación tales como el Sistema Nacional de Reconocimientos Ambientales (SIREA), proyecto de eco-etiquetado y los acuerdos voluntarios de producción más limpia con diversos sectores.
• Focalía de Convenios Internacionales, como el Convenio de Minamata sobre el Mercurio, el Protocolo de Montreal referente a la protección de la capa de ozono y el Convenio de Estocolmo sobre los Componentes Orgánicos Persistentes
• Participación en procesos inter-institucionales e intersectoriales de elaboración de normativa en los diversos temas vinculados con la gestión de la calidad ambiental (gestión del aire, suelo, agua, residuos sólidos y sustancias químicas).
• Apoyo al sector municipal en materia ambiental (PGAI y otros instrumentos de gestión ambiental)